1. Seto Kaiba'nın Yugi tarafından komaya sokulması.

Kaiba ve Yugi, animede oldukça çekişmeli geçen sahnelere sahip. Ancak Mangada işler biraz daha farklı. Kaiba, mavi gözlü ejderlerden birini Yugi'nin büyükbabasından çalmaya çalıştığı sırada Yugi ile bir Düello karşılaşmasında ağır bir yenilgiye uğrar. Bu yenilginin sonucunda, Kaiba'nın ruhu Düello Canavarlarından birinin içine hapsolur ve diğer canavarlar tarafından katledilir. Daha sonrasında, Kaiba bu inanılmaz işkencenin intikamını almak için, Yugi'yi öldürebileceği bir tema parkı yapar. Yugi bu parktan Kaiba'yı başka bir Düello'da güç bela yenerek kurtulur ve Kaiba'yı 6 aylık bir komaya hapseder. 2.Bandit Keith'in Pegasus tarafından kendini öldürmeye zorlanması. Animeyi izleyenleriniz bunu bilmeyebilir ama Bandit Keith aslında Mangada kendi sonunu görmüş karakterlerden birisi. Animede Pegasus, bir tuzak kapısı açıp Keith'in denizin dibindeki kayalıklara düşmesine neden oluyor, ama Keith bir şekilde hayatta kalıyordu. Mangada ise Keith, Pegasus'u tehdit eder ve Pegasus bunun karşılığında zihin kontrol gücünü kullanarak Keith'in kendini öldürmesine neden olur. 3.Joey'in babasının şiddet uygulaması. Animede geçen bazı ipuçlarına göre, Joey'in ailesi tahmin edildiği kadar da düzgün bir aile değil. Ancak Manga'da ailesindeki yaşam oldukça yıkıcı. Joey'in babasının hem kumar hem de alkolle problemleri var. Ama bu sorun sadece kendisini etkilemekle sınırlı kalmıyor, oğluna da fiziksel şiddet uyguluyordu. Joey'in bu konuda net bir sahnesine tanıklık etmedik. Sadece babası; Téa, Tristan ve Yugi'nin üzerine doğru içki şişesi fırlattığı sırada anlatılmaya çalışan imalarla bunun çıkarımını yapabiliyoruz. 4.Gozaburo Kaiba'nın kendini pencereden dışarı atması Hem Anime hem de Manga'da, Seto Kaiba'nın üvey babasıyla olan ilişkisini net bir şekilde görebiliyoruz. Gozabura iki versiyonda da Kaiba'nın yaptıklarından pek memnun değil. Fakat Manga'da, genç Seto'ya 'kaybedenlerin' başına ne geldiğini göstermek için kendini camdan attığına şahitlik ediyoruz. 5.Yami Bakura'nın, Pegasus'u gözünü çıkartarak yenmesi Manga'nın sonunda, yani Duelist Kingdom Arc'ında, Yami Bakura, Pegasus'un Milenyum Gözü'nü sökerek çıkartır ve Pegasusun ölümüne neden olur.