"Huzursuz rüyalarımda, o kasabayı görürüm." 3 yıl önce ölen karısından bu dizelerle başlayan bir mektup alan James Sunderland, ölen karısı Mary'yi aramak için Silent Hill kasabasına gider. James kasabada Mary'yi aradıkça kasaba da dönüşüme uğrar ve korkunç yaratıkların bulunduğu bir mekan haline gelir. 

Kasaba aslında insanların psikolojilerinin, vicdan azaplarının bir yansımasıdır ve her insanın kişisel yüzleşmesidir. Mesela ilk olarak kasabanın girişinde karşılaştığımız Angela kendi hikayesinin sonunda bize en başından beri kasabanın her tarafını alevler içinde gördüğünü söyler ve Angela'nın boss savaşında kanlı bir yatak ile savaşırız çünkü Angela küçükken babası tarafından cinsel istismara uğramış ve bir gün dayanamayarak onu uykusunda bıçaklamış sonrasında da evi yakarak kaçmıştır yani o alevler Angela'nın kendini içinde hissettiği cehennemidir. Eddie’nin Silent Hill'i ise mezbaha gibidir, soğuk ve et torbaları asılıdır. Bu et torbaları Eddie’nin çok yemek yemesinden dolayı kilo almasına ve bu nedenle de sürekli zorbalığa uğramasına göndermedir. Soğukluk Eddie’nin dünyadan kopmasına ve kendisini izole etmesidir. Eddie’nin yaratıklarını asla görmeyiz ama Eddie onları öldürmüş gibi davranır ve o yaratıklardan kendisine zorbalık yapanlar olarak bahseder. Laura ise hastanede Mary'nin son günlerinde ona arkadaşlık eden bir çocuktur ve masum olduğu için Silent Hill'de yaratıkları görmez ve kasabada özgürce gezer. 

Mary ve James’in hikayesi oyun ilerledikçe açığa çıkar. Mary ölümcül hastadır ve son yıllarını yatağa bağlı geçirmiştir. James ise uzun süredir hasta olan Mary’nin bakımı ile başa çıkamaz ve sonunda onu öldürür. Silent Hill kasabası James’in karısına karşı işlediği bu suçun vicdan azabının bir yansımasıdır. Kasabada James ayrıca Maria ile karşılaşır. Maria fiziksel olarak Mary’e benzemektedir ancak daha açık giyinir, daha cilveli davranır ve konuşur. Bu James’in Marry ile yaşayamadığı cinselliğin bir dışavurumudur, çünkü Marry yatağa bağlı ve hastadır. 

Oyunda gördüğümüz bütün yaratıklar James'in psikolojisinin bir dışavurumudur. Hemşireler James’in cinsel hayal kırıklıklarının temsilidir. Hemşireler cinsel yapılarını daha da vurgulayan dekolteli kıyafetler giyerler. Hemşire olmaları, hastanelerle ve sağlıkla bağlantılı figürler olmaları, Mary’nin hastalığı ile de bağlantıdır. Pyramid Head; James, Mary’nin ölümündeki suçu kabul etmediği için onun cezalandırılma ihtiyacını yerine getiren bir cellattır. Oyun boyunca Mary’nin benzeri olan Maria’yı 3 kez James’in gözleri önünde öldürmüştür. Her bir ölüm James’in merhum eşi Mary’e karşı işlediği suçları temsil eder. İlk seferde James ve Maria  Pyramid Head'den dar bir koridor boyunca kaçmaktadırlar. James koridorun sonundaki kapısı kapanan asansöre önce kendisi biner ve Maria’yı geride bırakır. Asansörün kapısı açılmadığından  Pyramid Head Maria’yı öldürür. Bu olay James’in bencilliğini temsil eder. James bencillik yapıp o asansöre ilk kendi bindiği için Maria’yı kaybetmiştir. İkincisinde parmaklıklarla ayrılmış iki hücrenin birinde Maria’yı bulur ancak aralarında parmaklık vardır. Maria onu cinsel anlamda tahrik eder ve parmaklığın diğer tarafına çağırır. James oraya ulaştığında ise Maria’yı kanlar içinde bulur. Bu olay James’in Maria’yı bir seks objesi olarak görmesi ve onun yanına gitmek istemesinin sebebinin yalnızca seks olmasından kaynaklıdır. Buradaki günah eşi Mary ile cinsel bir birliktelik yaşayamadığı için onu aldatmasıdır. Sonuncusunda ise Maria baş aşağı bir şekilde asılırken  Pyramid Head bir mızrak saplar ve öldürür. Burada Maria’nın baş aşağı durması Mary’nin son günlerinde hayatının alt üst olmasını, arkasından mızrakla öldürülmesi de James’in Mary’i yastıkla boğarak öldürmesini simgeler. Mary James’ten böyle bir şey beklemediği için arkasından vurulmuştur. Bu karşılaşmada James Silent Hill’in aslında onun cezalandırmak için kendisini çağırdığını ve  Pyramid Head'in de onun cezalandırıcısı olduğunu anlar. Artık Pyramid Head'e ihtiyacı yoktur. Bu nedenle  Pyramid Head ile mücadelesi sonrası  Pyramid Head elindeki mızrağı kendi boynuna geçirir ve cezalandırma biter. Artık James'in yüzleşeceği son bir kişi kalmıştır...

Mary oyunun son bossudur ve James’in suçluluğunu yenme amacına hizmet eder. Bu boss oyunun sonuna bağlı olarak Mary veya Maria olabilir. Eğer boss Mary ise, Mary onu öldürdüğü için James’e kin besleyecek ve ardından saldırmaya devam edecektir. Eğer boss Mary kılığına girmiş Maria ise ne gerçek ne de Mary olmadığı için James tarafından reddedilecek ve sonra ona öfkeyle saldıracaktır. Her iki durumda da yaratık Mary’nin baş aşağı duran cesedini andıracak şekle girip saldırır. Saldırı şekli siyah dokungaçlar ve tükürdüğü güvelerdir. Boss’un bağlı olduğu yatak Mary’nin hastalığında ve son günlerinde hapsedilme duygusudurr. Tükürdüğü güveler ise ölümü simgeliyor. Mücadele esnasında siyah dokunaçlarla James’i boğması ise kendi boğulmasına bir ödeşme niteliğinde olabilir. Bu yaratığı yenmek James’in suçluluğunu yenmesinin ve Silent Hill’den ayrılabilmesinin sembolüdür.