Mısır'daki insan yerleşiminin kanıtları on binlerce yıl geriye uzanıyor. Fakat bölgede yaygın yerleşim ancak yaklaşık MÖ 6000 yılında başladı. Buna yakın bir tarihte Sahra Çölü genişledi. Bazı bilim insanları bu genişlemenin Dünya'nın eğimindeki hafif bir değişimden kaynaklandığını düşünüyor. Diğerleri ise değişen yağış modellerinin sorumlu olabileceğinin üzerinde duruyor. Ancak çölün genişlemesinin nedenleri hala kesin olarak belirlenebilmiş değil. Sahra'nın genişlemesinin insanlık açısından en önemli sonucu, insanları güvenilir su kaynakları bulmak için Nil Nehri'ne doğru itmesi oldu. 

Nehrin denize akarken oluşturduğu delta bölgesi dışında, Nil Vadisi'ndeki çoğu yerleşim nehre birkaç kilometre yakınlıkta olan nehir çevresindeydi. (Yukarıdaki haritaya bakınız.) Nil Nehri yılda bir kez taşardı; bu durum o kadar olağan ve düzenliydi ki antik Mısırlılar buradan hareketle üç mevsim oluşturmuştu: Su baskını ya da taşma, Büyüme ve Hasat. 

Yıllık taşkın, her yıl yeni bir verimli toprak katmanı oluşturduğundan dolayı tarım için hayati önem taşıyordu. Nil'in taşmadığı yıllar, toprağın verimliliği büyük ölçüde tükenirdi ve gıda kıtlığı ihtimali oldukça artardı. Gıda stoğunun siyasi etkileri de vardı ve kuraklık dönemleri muhtemelen, Eski ve Orta Krallık dönemlerinin sonunda Mısır'daki siyasi birliğin azalmasına sebep oldu.

Kesin tarihleri ve olayları bilmesek de, bu dönemi araştıran çoğu bilim insanı, MÖ 3100 yılları civarında Narmer ya da Menes adındaki bir liderin (bunların aynı kişi olduğuna dair kesin kayıtlar yok), Yukarı ve Aşağı Mısır'ın hakimiyetini kazandığında Mısır'ı siyasi olarak birleştirdiğini söylüyor.

Şaşırtıcı bir şekilde, bu bölgenin haritasına bakıldığında, Aşağı Mısır'ın kuzeydeki delta bölgesi; Yukarı Mısır'ın da deltanın aşağısında kalan ülkenin güney kısmı olduğu görülür. Nehirlerin yokuş aşağı yönde aktığını, bu nedenle de nehrin denize doğru olan sonunda daha alçak olduğunu ve kaynağına yakınken daha yüksek olduğunu aklınızda tutmanız, nehirlerle ilgili tarih metinlerini okurken faydalı olacaktır!

Siyasi birleşmeden sonra, kutsal krallık, yani siyasi liderin gücünü Tanrı veya Tanrılardan aldığı, ya da bizzat Tanrı'nın vücut bulmuş hâli olduğu fikri Mısır'a yerleşti. Örneğin, birleşme hakkındaki mitolojide Narmer, hükmettiği Aşağı Mısır'ın bir Tanrısı olan Horus olarak gösterilir. Yukarı Mısır Tanrılarından biri olan Set'i fethetmiştir. Gerçek siyasi olayların bu mitolojikleştirilmiş hâli, kralın hakimiyetini meşrulaştırmıştır.

Sesleri ve anlamları ifade etmek için görüntüleri kullanan bir yazı biçimi olan hiyeroglifler muhtemelen bu dönemde kullanılmaya başlandı. Kendi gücü ve nüfuzu arttıkça Mısır devleti büyük ölçekli projeler için kaynakları daha iyi harekete geçirmeye başladı. Giderek büyüyen bir devleti örgütlemek ve yönetmek için daha iyi kayıt tutma yöntemlerine ihtiyaç duyuldu. Orta Krallık döneminde Mısırlılar da edebi metinler yazmaya başladılar. Bazı yazılar taş veya kil üzerinde, bazıları ise kamış elyaftan yapılmış kağıt benzeri bir ürün olan papirüs üzerinde korunmuştur. Papirüs çok narindir. Mısır'ın sıcak ve kuru iklimi nedeniyle birkaç papirüs belgesi günümüze ulaşmıştır. Hiyeroglifler de 1800'lerin başında çevrildiklerinde Antik Mısır'ı araştıran tarihçiler için büyük önem taşımaktadır.